Oprócz niewątpliwych zalet, oddychanie tlenowe ma przynajmniej jedną dużą wadę. Obecność atomów tlenu w bezpośredniej bliskości łańcucha oddechowego ułatwia powstawanie nadtlenków (np. wodoru) i wolnych rodników (np. hydroksylowych). Te natomiast mogą być przyczyną poważnych uszkodzeń składników komórki, przede wszystkim jądrowego i mitochondrialnego DNA, a w konsekwencji mutacji, wadliwego działania organelli i przyspieszonego starzenia się organizmu. Oczywiście komórki wykształciły szereg mechanizmów przeciwdziałających destrukcyjnemu działaniu wolnych rodników (antyoksydanty i zmiatacze wolnych rodników oraz różnorodne mechanizmy naprawcze). Lepiej jednak zapobiegać przyczynom niż usuwać skutki. Od dawna wiadomo, że czynniki przyspieszające oddychanie w izolowanych mitochondriach, jak rozsprzęgacze fosforylacji oksydacyjnej, powodują spowolnienie generacji nadtlenków i wolnych rodników. Z drugiej strony produkcja wolnych rodników nie jest liniową funkcją szybkości oddychania. Zależy jednak silnie od wartości siły protonomotorycznej. A właśnie częściowe rozsprzęganie zmniejsza siłę protonomotoryczną poprzez jej rozpraszanie. Operując pojęciem obwodu protonowego, spadek oporu błony powoduje spadek napięcia będącego głównym komponentem siły protonomotorycznej.