Pierwszy z nich, opracowany przez Gutknechta stanowi, że przenikanie H+ jest transportem typu nośnikowego. Wskazuje na zanieczyszcenia próbek produktami oksydacji i hydrolizy lipidów, które mogą działać jak przenośniki protonów - protonofory, analogicznie do znanych wcześniej protonoforów sztucznych np. CCCP. Za hipotezą tą przemawiają obserwacje wzrostu strumienia protonów przez błony sztucznie wzbogacone w kwasy tłuszczowe i spadku tego strumienia po dodaniu albuminy osocza (bovine serum albumine - BSA) znanej jako efektywny "zmiatacz" reszt kwasowych. Z drugiej strony model nie radzi sobie z wyjaśnieniem zależności przewodności protonowej od pH, szczególnie w niskich pH. Pojawiły sie także doniesienia o partycypowaniu kwasów tłuszczowych w przenoszeniu nie tylko protonów, ale i jonów sodu i potasu, więc trudno wytłumaczyć tak drastyczną różnicę w szybkości ich przenikania.
Drugi zaproponowany przez Nicholsa i Deamera i rozwinięty teoretycznie przez Nagle'a na bazie jego wczesniejszych koncepcji sugeruje, iż mimo wysokiej hydrofobowości wnętrza błony lipidowej, mogą ją przenikać krótkożyciowe twory podobne do łańcuchów cząsteczek wody połączonych wiązaniami wodorowymi (water wires). Protony mogą tutaj przeskakiwać poprzez wiązania wodorowe od jednej cząsteczki wody do drugiej i w ten sposób szybko przemieszczać się przez błonę. W zjawisku tym istotną rolę odgrywają obroty cząsteczek wody i stąd proces ten zwany jest "hop and turn mechanism". Podobnie tłumaczy się dużą ruchliwość protonów w wodzie i w lodzie. Z oczywistych powodów mechanizm taki nie jest dostępny dla innych jonów oprócz H+/OH-. Hipoteza ta, obecnie obrosła już wieloma szczegółowymi modelami teoretycznymi, dobrze tłumaczy słabą zależność przewodniości protonowej od pH i uzasadnia ilościowo wartość współczynnika przenikania protonów. Jednak do dziś nie udało się zaobserwować doświadczalnie hipotetycznych łańcuchów wodnych w dwuwarstwie lipidowej. Stąd często przytacza się doświadczalne badania podobnych łańcuchów wodnych tworzących się wewnątrz kanałów gramicydynowych, o których wiadomo, ze równiez mogą łatwo transportować protony. Z drugiej strony wykazano, ze takie łańcuchy nie mają identycznych właściwości z hipotetycznymi przewodami wodnymi sugerowanymi przez model tHBC, np. zastąpienie części cząsteczek wody przez wodę deuterowaną hamuje transport H+ przez kanały gramicydynowe, a nie ma większego wpływu na przenikanie protonów przez błony.