Wykazano, że przenikalność protonów zależy nieliniowo od grubości warstwy lipidowej. W naturalnej błonie o dużej zawartości białek, a taką jest wewnętrzna błona mitochondrialna, na grubość fazy lipidowej mogą wpływać oddziaływania lipidów z białkami (nieobecnymi w liposomach). Najprostszym, opisującym to modelem, jest hipoteza zgodności hydrofobowej. Białka integralne posiadają obszary hydrofobowe (i te są zanurzone w lipidowym rdzeniu błony) oraz hydrofilowe (te sterczą na zewnątrz błony kontaktując się ze środowiskiem wodnym). Hipoteza zakłada, że rozmiary poprzeczne obszarów hydrofobowych i grubość dwuwarstwy lipidowej powinny do siebie pasować. W rzeczywistości, zgodność nie może być zupełna, co prowadzi m.in. do deformacji dwuwarstwy lipidowej i niewielkich zmian jej wymiarów poprzecznych, a w konsekwencji wpływa na przewodność protonową.