Wewnętrzna błona mitochondrialna jest bardzo bogata w białka; zajmują one ok. 50% jej powoerzchni. W tej sytuacji praktycznie cała lipidowa faza błony znajduje się w sferze oddziaływania białek, co nie pozostaje bez wpływu na upakowanie lipidów, stałą dialektryczną czy ładunek powierzchniowy. Może też ułatwiać powstawanie „ścieżek wodnych”, będących wg dominującego obecnie modelu przyczyną anomalnego przewodnictwa protonowego. Niestety, badania nakierowane na weryfikację tych i podobnych spekulacji nie dały na razie jednoznaczych wyników, choć raczej im przeczą. Sprawa jest jednak ciągle otwarta.